Cmr复合物在S. islandicus 和 S.solfataricus中的表达纯化及质谱研究文献综述

 2022-11-17 16:32:00

文献综述

CRISPR插入CSM复合物的结构揭示了与CASCADE的关键相似之处

摘要:

CRISPR系统是一种原核生物中的适应性免疫系统。其作用机理是通过插入与CRISPR相关联的细菌的复合物的编码,利用小RNA片段来进行同源检测,并破坏入侵的遗传物质。CRISPR系统被划分为三种主要的类型(I–III)。III型配合物都含有Cas10亚基,但是根据它们之间的不同之处,又可以细分为IIIA型(CSM)和IIIB型(CMR),一般而言,这是依据它们对DNA或者RNA特异的靶向作用来进行区分的。CSM在葡萄球菌中的扩散作用在2008年第一次被发现。本课题是根据来自于对噬热古细菌的CSM配合物的结构与猜想来进行探索与研究,在研究过程中,我们使用了电子显微镜,质谱法和深度测序相结合的方法。通过上述研究,可以揭示CSM复合物的三维结构模型,它包含了一种螺旋形的结构,这让人联想到I型家族复合物的骨干结构。

关键词:噬热古细菌、CRISPR系统、CSM复合物、三维结构

Abstract:

CRISPR system is a kind of adaptive immune system in prokaryotic organism. The complex codes are inserted into bacteria which associated with CRISPR , and the small RNA fragments are used to detect homology and destroy the genetic elements of the invasion. The CRISPR system is divided into three main types (I–III). The Type III complexes contain CAS10 subunits,while according to their differences, they can be subdivided into two types,one is IIIA type (CSM) and the other one is IIIB (CMR), which are generally divided according to their specific targeting effects on DNA or RNA. The diffusion effect of CSM in Staphylococcus was first discovered in 2008. This subject is based on the structure and conjecture of the CSM complexes from the archaeon Sulfolobus solfataricus, and we have used EM ,MS and depth sequencing methods together during the process. Throughing the research, we can build up the 3D structure model of CSM complex, which includes a spiral structure, which can lead people to associate with the backbone structure of type I family complexes.

在对来自噬热古细菌的CSM复合物的提纯和结构特征的研究过程中。电子显微镜(EM)检测显示了一个扩展的、螺旋状的螺旋构象,表明通过RAMP亚基形成的骨架与IE Cascade复合物有惊人的相似之处。质谱法可以用来确定亚基的组成和复合物的结构。crRNA的深度测序揭示crRNA一个显著的特异性,表明了一种特异性的摄入机理,这也许是与Cas6核酸内切酶相关联。

(一)电子显微镜检查

为了深入了解CSM复合物的组装过程,进行了单颗粒分析的EM耦合实验。该复合物的单个图像显示出了一个细长的形状,形状外观像是两个细丝缠绕在一起。

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