一、背景介绍： 抗菌肽是一类广泛存在于自然界生物体中的小肽类物质，是机体先天性免疫系统的重要组成部分，对细菌、真菌、寄生虫、病毒、肿瘤细胞等有着广泛的抑制作用。
由于其抗（杀）菌机理与抗生素有所不同，故通常认为细菌不易对抗菌肽类物质产生耐药性。
因此，抗菌肽被认为是一类潜在的新型、高效、低毒的抗菌物质[1]。
众所周知，蛋白（包括多肽）类分子的生物学活性高度依赖于其空间结构。
故掌握这类分子的结构信息对研究其功能活性和作用机制具有重要意义[2]。
虽然，试验中可以通过X射线衍射，核磁共振，冷冻电镜等手段测定相对准确的蛋白空间结构，但这些方法的成本和技术要求目前依然超出绝大多数实验室的能力范围。
而同源模建则是目前最常用的蛋白和多肽类分子的结构模拟手段，其门槛极低，但需要与目标序列相似度较高的已测定结构为模板来保证结果的可靠性，故该方法并不适合于所有蛋白结构的模拟[3]。
随着科学技术的发展，通过分子动力学模拟技术预测蛋白结构正逐渐成为可能。
分子动力学模拟（Molecular Dynamics Simulation，MD）是一种基于原子间相互作用力，计算分子结构在一定时间尺度中的演化过程，从而反应分子内或分子间相互作用的动态变化的计算机模拟技术[4]。
数年前，国外研究团队通过Anton超级计算机对数种分子量较小的多肽和蛋白进行了数百乃至上千微秒的动力学模拟，并成功获得了接近于晶体结构的模拟结果[5]。
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